根据以上主要职责，市审计局设置8个职能股室：
    1、办公室
    负责局机关日常政务，负责会议的组织和有关报告、文件以及审计机关管理制度的起草；负责局务会、局长办公会的会务、记录和会议纪要的整理工作；编制审计工作规划、年度审计项目计划；负责审计统计工作和宣传、信息工作；负责机关日常事务管理、财务管理、档案管理及后勤服务工作；负责局党组会议纪录；负责局机关机构编制、干部任免、人员调配、工资福利、考核奖惩、教育培训、专业技术职称考评、离退休干部工作；负责年度考核评比、表彰工作。
    2、法制股
    负责地方规范性文件的起草、修改和报批工作；负责业务质量的监督检查；审核与复核各业务股室的审计意见书、审计决定书、审计处罚决定书、审计建议书；对审计业务质量进行抽查；组织对内部审计的指导与监督，监督社会审计组织的审计业务质量；组织实施审计普法教育；负责审计业务办公会议的会务和纪要的起草；负责审计行政案件的应诉工作。
    3、财政金融审计股
    拟订市本级预算执行情况的审计总体方案，负责对市本级预算执行情况和市地税系统税收征管情况及预算外资金的审计；负责乡镇财政预算执行情况和决算审计；负责对市财政局机关及其直属单位的财务收支进行审计，并对财税系统进行行业审计与专项审计调查；根据上级授权，负责对国有金融机构的审计工作；负责审计地方金融机构及其直属单位的资产、负债、损益状况。
    4、行政事业审计股
    负责审计市委机关、市人大机关、市政府机关、市政协机关、市法院机关、市检察院机关和民主党派、社会团体机关及其下属单位的财政财务收支；负责审计分工范围内的市委、市政府有关部门和直属事业单位及其下属单位的财政财务收支；组织专项审计或审计调查；对政府及有关部门批准发行的证券、社会募集资金进行审计监督；负责审计由政府主管部门管理和受政府委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、房改、失业等社会保障基金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、优抚安置和社会捐赠资金的管理使用情况；负责对市政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况的审计。
    5、农林水审计股
    负责对分工范围的市政府有关部门及其下属单位的财务收支的审计监督；负责审计政府主管部门管理和受政府委托由社会团体管理的农林水利、扶贫开发、资源环保资金的筹集、管理和使用情况；负责专项审计与审计调查。
    6、经贸审计股
    负责对分工范围内的市属国有企业和国有资产占控股地位或主导地位的工交、商贸企业及其下属单位的资产、负债、损益及财务收支的审计监督；根据授权，组织实施对中央、省属企业及其下属单位的资产、负债、损益及财务收支情况进行审计；组织专项审计与审计调查；负责完成国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支审计任务；开展外资项目的专项审计或审计调查。
    7、固定资产投资审计股
    根据有关法律、法规和市政府有关规定，对市属建设项目的概预算执行、决算以及资金来源和资金使用情况进行审计监督；负责审计市直各部门管理的固定资产投资、施工企业的财务收支；组织专项审计与审计调查。
    8、经济责任审计股
    根据有关规定，负责乡镇党政领导干部及市直副科级以上行政、企事业单位党政领导干部的任期经济责任审计，向相关部门提交经济责任审计报告。